Dès 1996 (gouvernement Cardoso), un certain nombre d’actions sont menées selon une gouvernance améliorée des politiques publiques, basée sur le principe de subsidiarité. Ainsi, la gestion d’une ligne de crédit destinée à la mise en place d’infrastructures pour l’agriculture familiale (Pronaf infrastructure) est déléguée aux conseils municipaux de développement durable (CMDRS). Ces derniers sont composés de représentants de la société civile et des pouvoirs publics.
En 2003, Lula fait du développement territorial une des priorités de son gouvernement. En application de cette politique, divers ministères mettent en place des actions territoriales innovantes à des échelles d’intervention différentes. Il en va ainsi :
Du Ministère de l’environnement (MME), qui promeut au niveau territorial un projet de gestion environnementale (GESTAR) et les agendas 21.
Du Ministère du développement social (MDS), qui lance le CONSAD (Consortium intermunicipal de sécurité alimentaire et de développement). Ce consortium a pour objectif la gestion du programme « Fome Zero ».
Du Ministère de l’intégration nationale (MI), qui engage un programme national de développement régional (PNDR) dans des mesorégions (entités, souvent plus réduites que les espaces d’action des autres ministères). Ces programmes visent à réduire les inégalités régionales en valorisant pleinement leurs potentialités économiques. La mise en oeuvre de ces programmes s’appuie sur les APL (Arranjos Produtivos Locais). Il s’agit de coordonner les acteurs locaux pour la consolidation de la mise en place de filières locales (cf. infra).
Du Ministère du développement agraire (MDA), dont l’action en matière de développement territorial est particulièrement poussée.
Un Conseil national du développement rural durable (Condraf) a organisé des conférences (CNDRS) qui ont élaboré un Plan national de développement durable des territoires ruraux (PDSTR). Celui-ci appréhende le territoire comme un espace socialement construit par un groupe social déterminé dans la production et la reproduction de son existence (BRASIL, MDA, 2003, s.p.), et détermine ceux qui seront établis comme territoires ruraux sur des critères de faible IDH, d’importance locale de l’agriculture familiale mais aussi de faible densité démographique (<80hab/km²). Dans le cadre de ce Plan, un secrétariat de développement territorial (SDT) du MDA est créé au niveau national. En outre, des conseils dans chaque État du Brésil (CEDRS) sont organisés pour identifier ces territoires ruraux en coordination avec les acteurs locaux spécifiques à chaque territoire. Des Commissions d’installation des actions territoriales (CIAT), composées de représentants de la société civile et de représentants des pouvoirs publics, ont alors été mises en place pour coordonner le développement du territoire. Cette commission doit dorénavant gérer, à la place des CMDRS, les fonds du Pronaf infrastructure (Proninf), rebaptisé Programme National d’Action Territoriale (Pronat) qui permet le financement d’infrastructures et de formations. Ainsi, de nombreuses politiques publiques ont été délocalisées au niveau supra municipal et ont été soumises à l'appréciation de la société civile. Cette démarche marque une volonté d’améliorer la gouvernance de ces politiques publiques et de mieux les adapter aux besoins des populations. Ces politiques sont cependant restées peu coordonnées entre elles et ont entraîné la multiplication d’espaces de concertation, ce qui a pu avoir pour conséquence un essoufflement de la participation. Devant ce constat, en 2008, le Programme des territoires de la citoyenneté (PTC) a été mis en place de façon à coordonner les actions des différents ministères dans un même territoire, appelé « territoire de la citoyenneté », dont le périmètre est celui de certains territoires ruraux du PDSTR. La CIAT se transforme alors en Codeter (collège de développement territorial) qui a pour objectif de gérer le programme de la citoyenneté et aussi, par la suite, d’être l’intermédiaire du gouvernement fédéral pour mettre en place ces différents programmes d’une manière plus efficace. Ces Codeter réunissent de manière paritaire les organisations de la société civile et les institutions gouvernementales de chaque territoire. L’assemblée plénière décide par vote des actions à mettre en place. Le Codeter comprend aussi, en général, un noyau directeur et un noyau technique, composés d’institutions appartenant à la plénière. Ils sont chargés, chacun selon ses compétences, de favoriser l’exécution des décisions prises par la plénière. Les prérogatives précises de ces noyaux ne semblent pas être imposées par le programme de la citoyenneté et ne sont pas, de ce fait, homogènes dans les différents territoires. Un articulateur du territoire est censé appuyer la coopération entre les institutions. Il est l’interlocuteur privilégié du MDA et du gouvernement fédéral pour la mise en oeuvre de ces programmes. Il faut souligner cependant que le Codeter n’a pas de statut juridique (comme les territoires de projet français tel que les « pays ») et ne peut ainsi pas gérer de ressources humaines et financières ou implanter des projets en son nom. Une organisation du Codeter doit porter les projets.