Le système hydrographique de la région est caractérisé par deux cours d’eaux principaux :
− le prolongement Nord du « Saloum », cours d’eau salé pérenne qui s’étend sur 50 km environ dans le département de Kaolack
− le Baobolong, défluent du fleuve Gambie s’assèche dans sa partie aval en milieu de saison sèche. Douces en saison des pluies, les eaux deviennent salées en
saison sèche. La vallée du Baobolong s’étend du Sud-ouest de Nioro jusqu’à Maka−Yopp soit une longueur de 150 km. Sur sa rive gauche dans le département de Nioro, elle prend un affluent le Miniminiyang Bolong qui se prolonge sur 26 km vers le Nord.
La région est également parsemée de mares temporaires approvisionnées par les eaux de pluies.
Elles servent à l’abreuvement du bétail et à des activités de pêche en certains endroits.