La pratique judiciaire ne rend pas compte du caractère prioritaire de la réparation en nature et en dépit des différents aspects qu’elle peut revêtir, adaptable aux circonstances de l’espèce, celle-ci n’est pas toujours prononcée.
Quant les tribunaux ont ordonné des travaux sur la propriété de l’auteur du préjudice, une difficulté apparaît si la partie condamnée se refuse à les exécuter. En effet, l’exécution de ces travaux implique une occupation temporaire du terrain d’autrui . Le problème qui se pose est alors celui des moyens de contrainte nécessaires pour obtenir l’exécution d’une obligation de faire ou de ne pas faire. Il s’agira par exemple de réaliser une isolation, une destruction, des aménagements. Or si ce mode de réparation paraît le plus efficace dans son principe, sa mise en œuvre et son efficacité réelle peuvent se heurter à des difficultés tenant à l’intégrité de la personne. Le pouvoir du juge d’imposer une réparation autre qu’une indemnité pécuniaire a été à l’appui de l’article 1142 du Code civil qui dispose que « toute obligation de faire ou de ne pas faire se résout en dommages et intérêts, en cas d’inexécution de la part du débiteur ». En vertu de ce texte, le juge qui prescrit une réparation en nature n’a pas le pouvoir d’obliger le débiteur à l’exécuter . L’idée est par conséquent que « chaque personne reste maîtresse de son corps, aucune coercition ne pouvant s’exercer sur lui ». Finalement, l’article 1142 du Code Civil a été interprété de manière relative et en cas de réticence à appliquer la réparation en nature, les juges peuvent s’assurer de l’exécution de leur décision en ayant recours à l’astreinte. Ainsi il n’existe plus véritablement de limites légales au principe même d’une réparation en nature des dommages nés de troubles de voisinage. Les seules limites qui peuvent être relevées sont celles d’ordre jurisprudentiel, dans l’appréciation faite par les juges de l’opportunité de ce mode de réparation.
Les seules limites qui se trouvent avérées en la matière sont celles plutôt d’ordre matériel. En effet, parfois en dehors de toute considération juridique, la réparation en nature peut, selon les cas, être impossible matériellement, insuffisante ou encore excessive pour le responsable du dommage et notamment pour des considérations d’ordre financières, économiques ou sociales. Or le juge doit se garder de l’excès d’une décision aux conséquences hors de proportion avec le trouble effectivement supporté, de telle manière qu’il hésite généralement à condamner le responsable à la démolition du bâtiment litigieux . De même quand le litige oppose non pas des particuliers entre eux, mais des particuliers à des entreprises ou des collectivités : « Ne vaut-il pas mieux tolérer une industrie utile au point de vue de la richesse générale, quitte à indemniser en argent ceux qui souffrent trop ? » . Il est certain que la décision judiciaire se heurtera presque toujours à ce genre d’objections. Il n’empêche que leur portée doit être limitée. Ainsi, pour vaincre les réticences des juges du fonds, la Cour de cassation semble s’orienter vers une conception plus radicale des modalités de réparation. En effet, au visa de l’article 1143 du Code civil, elle considère que « le créancier a le droit de demander que ce qui aurait été fait par convention à l’engagement du débiteur soit détruit » . Donc, depuis quelques années, la jurisprudence fait application de l’article 1143 du Code civil pour fonder le droit de la victime d’exiger la suppression de l’illicite. Cependant, il semble que la démolition ne soit pas automatique chaque fois qu’elle est demandée dans une affaire. Enfin, on peut souligner que les problèmes d’ordre onéreux existent également dans la difficulté de réparer en nature car ce type de réparation met parfois en jeu des sommes considérables qui excèdent les capacités financières de leur auteur.