Les banques islamiques fonctionnent de manière un peu différente des banques classiques. On note une différence sur le cadre règlementaire car ces institutions sont soumises à des organismes standardisés différents des organismes financiers internationaux. En plus de cela, les banques islamiques rencontrent des problèmes au niveau des pays d’accueil car ces pays sont régis dans la plupart par le système classique.
Au niveau du fonctionnement interne, les bilans des deux banques présentent une légère différance car certains produits ne trouvent pas des équivalences conventionnelles.